শেখ হাসিনার নেতৃত্বে আওয়ামী লীগ সরকার গঠন করার ৫০ দিনের মধ্যেই ২০০৯ সালের ২৫ ও ২৬ ফেব্রুয়ারি ঢাকার পিলখানায় তৎকালীন বিডিআরদের একটি গ্রুপ দ্বারা বিদ্রোহ সংগঠিত হয়।

বিদ্রোহী বিডিআর সৈন্যরা পিলখানায় বিডিআর সদর দফতর দখল করে বিডিআরের মহাপরিচালক মেজর জেনারেল শাকিল আহমেদসহ ৫৭ জন অন্যান্য সেনা কর্মকর্তা ও ১৭ জন বেসামরিককে হত্যা করে। তারা বেসামরিক লোকদের ওপর গুলি চালিয়েছিল, তারা অনেক অফিসার এবং তাদের পরিবারকে জিম্মি করেছিল, স্থাপনা ও সম্পদ ভাঙচুর করেছিল এবং মূল্যবান জিনিসপত্র লুট করে নিয়েছিল। পরে সরকারের সঙ্গে একাধিক আলাপ-আলোচনার পরে বিদ্রোহীরা অস্ত্র সমর্পণ করে এবং জিম্মিদের মুক্তি দেয়। অস্ত্র সমর্পণের মধ্য দিয়ে পরবর্তীতে এই বিদ্রোহের অবসান ঘটে।

২০১৩ সালের ৫ নভেম্বর ঢাকা মহানগর দায়রা জজ আদালত ১৫২ জনকে মৃত্যুদণ্ড এবং ১৬১ জনকে যাবজ্জীবন কারাদণ্ড দেয়; আরও ২৫ জন বিদ্রোহে জড়িত থাকার কারণে তিন থেকে দশ বছরের মধ্যে কারাদণ্ড পেয়েছিল। আদালত অভিযুক্ত ২৭৭ জনকেও খালাস দিয়েছিল।

১৫ বছর আগের ওই হত্যাকাণ্ডের ঘটনায় সাবেক প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা, ঢাকা দক্ষিণ সিটির মেয়র ফজলে নূর তাপসসহ আরও অনেকে সরাসরি জড়িত ছিলে বলে রাজধানীর মহাখালীর রাওয়া ক্লাবে আয়োজিত এক সংবাদ সম্মেলনে দাবি করা হয়।

সংবাদ সম্মেলনে নিহত মেজর শাকিলের ছেলে রাকিন আহমেদ দাবি করেন, ‘পিলখানা হত্যাকাণ্ডে সাবেক প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা, ফজলে নুর তাপস ও শেখ সেলিম সরাসরি জড়িত। এছাড়াও নেপথ্যে আরও রয়েছে। স্বাধীন তদন্ত কমিশন গঠন হলে তাদের নামও আসবে।’

এ সময় নিহত সেনা কর্মকর্তা কর্নেল শফিকের ছেলে অ্যাডভোকেট সাকিবুর বলেন, লেফটেন্যান্ট জেনারেল জাহাঙ্গীর আলম সেই সময় কোয়ার্টার মাস্টার জেনারেল হিসেবে বিডিআর হত্যাকাণ্ডের তদন্ত কমিটিতে ছিলেন। রিপোর্টটি প্রকাশ করেছেন সেটি তিন দফা সংশোধন করার পর মিডিয়ায় দেওয়া হয়েছিল। তিনি সেই রিপোর্টের ‘র’ কপি প্রকাশের দাবি জানান।

এ সময় নিহতের পরিবাররা ২৫ ফেব্রুয়ারিতে বিডিআর বিদ্রোহ না বলে বিডিআর হত্যাকাণ্ড বলার জন্য সকলের প্রতি অনুরোধ করেন।

নিহত পরিবারের সদস্যরা বলেন, এই হত্যাকাণ্ডের পেছনে ভারতের হাত রয়েছে। এছাড়া হত্যকাণ্ডের ঘটনায় ডাল-ভাত নিয়ে দ্বন্দ্বের যে কথা প্রচার করা হয় তা সত্য নয়। এ হত্যাকাণ্ডটিকে ভিন্নখাতে নিতেই এমন কথা প্রচার করা হয়েছিল।